• Río Vilcanota:

Llamado también rio Urubamba o Willkamayu, atraviesa la Cordillera Oriental de sureste a noroeste en forma irregular, es el que atraviesa todo el piso de valle del Distrito.

• Río Aobamba

Es el límite oeste del santuario y tiene dirección sur a norte. Las aguas de este río nacen aproximadamente a 3,500 msnm, en la confluencia de los ríos Orcospampa y Rayancancha, que nacen de los deshielos de los nevados Salcantay, Palkay, Huamantay y otros adyacentes; desemboca en el río Vilcanota.

• Río Kusichaka

Este río es el Límite geográfico con el distrito de Ollantaytambo, tiene una dirección aproximada noreste-suroeste, sus aguas nacen en los nevados Salcantay y Palkay y desembocan en el río Vilcanota, a 2,450 msnm. En gran parte de su recorrido corta rocas metamórficas y, en menor proporción, rocas ígneas intrusivas.

• Río Aguas Calientes

Tiene una dirección de noreste a suroeste, nace en la vertiente sur de la Cordillera Oriental, a una altura de 4,300 msnm. Nace de dos glaciares el Quishuarpata y Tunquihuaycco, que se unen a una altitud de 3,200 msnm; en la parte alta del primero se encuentra la laguna Iscaycocha, la topografía es suave sin mucha erosión.

• Río Allcamayo

Este río nace a 3,900 msnm, tiene una dirección general noreste - suroeste; es de menor longitud y amplitud que el de Aguas Calientes; se desarrolla sobre rocas intrusivas y el relleno corresponde a bloques de granito y gravas aluviales. En la parte media se ven derrumbes y deslizamientos que originan aluviones..